Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, aset, dan arsip terkait dengan proses pengalihan Institut Agama Islam Negeri Pekalongan menjadi Universitas Islam Negeri K.H. Abdurrahman Wahid Pekalongan dalam pelaksanaan Peraturan Presiden ini menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.