Pada saat Peraturan Menteri ini mulai berlaku, Peraturan Menteri Keuangan Nomor 85/PMK.05/2013 tentang Tarif Layanan Badan Layanan Umum Balai Pendidikan dan Pelatihan Ilmu Pelayaran Surabaya pada Kementerian Perhubungan, dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.