Tugas, fungsi, susunan organisasi, dan tata kerja Sekretariat dan Kepaniteraan Pengadilan Militer Tinggi IV Balikpapan dan Pengadilan Militer Tinggi V Makassar, ditetapkan oleh Ketua Mahkamah Agung setelah mendapat persetujuan dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang aparatur negara.