Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta menganggarkan program dan kegiatan yang didanai dari Dana Keistimewaan sebagai belanja dalam Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah Perubahan Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Tahun Anggaran 2013, berdasarkan hasil penilaian kelayakan kegiatan yang dilakukan oleh menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian terkait.