Pada saat Peraturan Presiden ini mulai berlaku, semua peraturan pelaksanaan Keputusan Presiden Nomor 2 Tahun 2004 tentang Pendirian Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri Malikussaleh Lhokseumawe, dinyatakan masih tetap berlaku sepanjang belum diganti dan tidak bertentangan dengan ketentuan dalam Peraturan Presiden ini.