Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, aset, dan arsip terkait dengan proses pengalihan Institut Agama Islam Negeri Samarinda menjadi Universitas Islam Negeri Sultan Aji Muhammad Idris Samarinda dalam pelaksanaan Peraturan Presiden ini menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.