Pada saat Peraturan Menteri Keuangan ini mulai berlaku, Peraturan Menteri Keuangan Nomor 29/PMK.02/2006 tentang Tatacara Penyediaan dan Pertanggungjawaban Dana Penyelenggaraan Kewajiban Umum Bidang Angkutan Laut Penumpang Kelas Ekonomi dan Bidang Pos, dicabut dan tidak berlaku.