Semua unsur di lingkungan Instansi Vertikal Kementerian Agama dalam melaksanakan tugasnya wajib menerapkan prinsip koordinasi, integrasi, dan sinkronisasi, baik dalam lingkungan Instansi.
Vertikal Kementerian Agama sendiri maupun dalam hubungan antar instansi pemerintah baik pusat maupun daerah.