Tugas, fungsi, susunan organisasi, dan tata kerja Sekretariat dan Kepaniteraan Pengadilan Militer I-03 Pekanbaru, Pengadilan Militer V-18 Kendari, dan Pengadilan Militer V-21 Manokwari ditetapkan oleh Ketua Mahkamah Agung setelah mendapat persetujuan dari menteri yang menyelenggarakan urusan pemerintahan di bidang aparatur negara.