Penataan organisasi, kepegawaian, anggaran, aset, dan arsip terkait dengan proses pengalihan Institut Agama Islam Negeri Kudus menjadi Universitas Islam Negeri Sunan Kudus dalam pelaksanaan Peraturan Presiden ini menjadi tanggung jawab menteri/pimpinan lembaga pemerintah nonkementerian sesuai dengan kewenangan masing-masing.