Pada saat mulai berlakunya Peraturan Presiden ini, semua kekayaan, mahasiswa, hak, dan kewajiban dari Sekolah Tinggi Agama Kristen Kupang dialihkan menjadi kekayaan, mahasiswa, hak, dan kewajiban Sekolah Tinggi Agama Kristen Negeri Kupang, Nusa Tenggara Timur.