Perincian Struktur Organisasi Pemerintahan Kota Administratif Cilacap ditentukan lebih lanjut oleh Menteri Dalam Negeri dengan memperhatikan kebutuhan dan kondisi serta situasi kota yang bersangkutan, setelah mendapat persetujuan tertulis dari Menteri yang bertanggung jawab dalam bidang penertiban dan penyempurnaan aparatur negara.