Pada saat Peraturan Menteri Keuangan ini mulai berlaku, Peraturan Menteri Keuangan Nomor 124/ PMK.02/ 2009 tentang Tata Cara Penyediaan, Pencairan, dan Pertanggungjawaban Dana Cadangan Benih Nasional dan Bantuan Langsung Benih Unggul, dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.