Pada saat Peraturan Badan ini mulai berlaku, Peraturan Kepala Badan Nasional Penanggulangan Terorisme Nomor: PER- 04 /K.BNPT/11/2013 tentang Kerja Sama Aparat Penegak Hukum dalam Penanganan Perkara Tindak Pidana Terorisme (Berita Negara Republik Indonesia Tahun 2014 Nomor 789), dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.