Pada saat Peraturan Menteri Keuangan ini mulai berlaku, Peraturan Menteri Keuangan Nomor 123/PM.K.02/2009 tentang Tata Cara Penyediaan, Pencairan, dan Pertanggungjawaban Dana Penyelenggaran Kewajiban Pelayanan Umum Bidang Angkutan Laut untuk Penumpang Kelas Ekonomi, dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.