Seksi Keberatan dan Banding I, Seksi Keberatan dan Banding II, Seksi Keberatan dan Banding III, dan Seksi Keberatan dan Banding IV masing-masing mempunyai tugas melakukan penyusunan rencana penanganan sengketa di bidang keberatan, banding, dan pengurangan, penyelesaian pembetulan, keberatan, pengurangan, penghapusan, dan pembatalan di bidang perpajakan, penanganan sengketa banding dan gugatan di Pengadilan Pajak, pengawasan
pelaksanaan putusan banding, putusan gugatan, dan putusan peninjauan kembali, dan penyelesaian pembetulan produk hukum yang diterbitkan oleh Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak Wajib Pajak Besar atau Kantor Wilayah Direktorat Jenderal Pajak Jakarta Khusus, serta pemberian bimbingan, pemantauan, dan evaluasi penyelesaian pembetulan produk hukum yang diterbitkan oleh kantor pelayanan pajak sesuai dengan penugasan.