Pada saat Peraturan Menteri Keuangan ini mulai berlaku, Lampiran I dan Lampiran II Peraturan Menteri Keuangan Nomor 105/PMK.02/2008 tentang Petunjuk Penyusunan dan Penelaahan RKA-KL dan Penyusunan, Penelaahan, Pengesahan dan Pelaksanaan DIPA Tahun 2009 dinyatakan masih tetap berlaku, sepanjang tidak diatur kembali dalam Peraturan Menteri Keuangan ini.