Dalam melaksanakan tugasnya, Komandan Satgas mendapatkan arahan dari Menteri Koordinator Bidang Politik, Hukum, dan Keamanan, Menteri Koordinator Bidang Perekonomian, Menteri Koordinator Bidang Pembangunan Manusia dan Kebudayaan, Menteri Koordinator Bidang Kemaritiman, Panglima Tentara Nasional Indonesia, Kepala Kepolisian Negara Republik Indonesia, dan Jaksa Agung Republik Indonesia.