Pada saat Peraturan Menteri Keuangan ini mulai berlaku, Peraturan Menteri Keuangan Nomor 121/PMK.02/2006 tentang Tata Cara Penyediaan, Pencairan, dan Pertanggungjawaban Dana Penyelenggaraan Kewajiban Pelayanan Umum Bidang Angkutan Kereta Api Kelas Ekonomi Tahun Anggaran 2006, dicabut dan dinyatakan tidak berlaku.